In 1796, na de inval van Frankrijk in Nederland, werd bepaald dat er geen bevoorrechte godsdienst meer mocht zijn en aan het begin van de negentiende eeuw vaardigde de nieuwe overheid onderwijswetten uit, waarin praktische zaken zoals een algemene boekenlijst, de onderwijzersopleiding en de financiering van het onderwijs werden geregeld. Maar ook een teer punt als de religieus-levensbeschouwelijke achtergrond van een school werd in deze wet geregeld. Wat dit laatste betreft: de schoolwet van 1806 schreef voor dat het openbare lagere onderwijs leerlingen diende op te voeden tot alle maatschappelijke en christelijke deugden’. Dit was in orthodox christelijke ogen een nietszeggende regel.

De onderwijswetten van 1801, 1803 en 1906 legden de basis voor een nationaal onderwijsstelsel met een verplicht leerplan en overheidstoezicht voor alle gewesten. De eeuwenlange invloed van de Gereformeerde Kerk op het onderwijs was buiten spel gezet. Aan het begin van de negentiende eeuw werd begonnen met de opbouw van een nationaal onderwijsstelsel, bestemd voor alle gezindten. Weldra klonken er vanuit orthodox-protestantse en wat later ook vanuit rooms-katholieke kringen protesten tegen deze staatsinmenging. Het verlies van de eens zo vanzelfsprekende publieke positie van de Gereformeerde Kerk leidde tot de Afscheiding (1834). De Afscheiding was een beweging die onder leiding van de dominees H. de Cock (1801-1842) en H.P. Scholte (1805-1868) openlijk verzet pleegde tegen de overheid, door bijvoorbeeld eigen schooltjes op te richten.

In het blad De Reformatie (1837-1847) werden de principiële bezwaren tegen de onderwijswetgeving duidelijk verwoord: geen monopolistische overheid op het terrein van het onderwijs, het recht op een vrije schoolstichting en het toepassen van eigen pedagogische en religieuze inzichten. Bij de doop immers beloofden gereformeerde ouders dat ze niet alleen verantwoordelijk waren voor de opvoeding van hun kroost binnen het huisgezin, maar óók voor wat er daarbuiten, bijvoorbeeld in het klaslokaal, gebeurde. De kritiek vanuit rooms-katholieke kring richtte zich ook op de staatsinmenging en het feit dat katholieken als tweederangs burgers werden beschouwd. De vrijheid tot stichten van scholen was in de ogen van de vertegenwoordigers en de achterban van de protestantse orthodoxie en de rooms-katholieke kerk een grondrecht, dat uiteindelijk in de grondwetswijziging van 1848 in artikel 194 – het tegenwoordig zo vaak in de media aangehaalde artikel 23 – werd geregeld. Dit betekende overigens niet dat de subsidiëring van het bijzonder onderwijs ook meteen in kannen en kruiken was: die liet nog tot 1917 op zich wachten.

In 1917 werd de financiële gelijkstelling van bijzonder onderwijs in de Grondwet opgenomen.